神户攻防战是华军发起日本列岛之战后损失最大的一次，日军利用黑夜的掩护集结大量兵力，向华军发动突然反击。猝不及防之下华军损失超过五千三百多人，虽然指挥部迅速反应调集援军将其反包围，但损失已经无法挽回。

奇怪的是前线指挥官并没有受到总参谋部的问责，非常无奈，包括吕梁在内的军方高层必须能容忍将领们的失误。大量高级基因人军官充斥于军队各个层面，蒋方震等年轻将领还没有完全成熟，现在还有过分催熟的迹象。与充满创造性和灵活性的人类相比，基因人无疑要逊色许多，就像学校里成绩领先者，进入社会后往往不如那些成绩差、贪玩的学生混得好。

被包围的二十万日军干脆利落的投降，这几乎成为了这段时间作战的常态——日军面对火力优势的华军，坚决抵抗并时不时的发起决死突击，死伤巨大并被华军装甲部队包围后立刻投降。小鬼子的精气神逐渐消失，皇室消亡，又要经历华军残酷打击，短时间内积攒起来的军国主义思想有土崩瓦解的迹象。

但日军崩溃的速度比总参计划中的慢得多，最理想的情况是干掉日本皇室和军政高层后，日本人在一片混乱中彻底失去斗志，然后向华军投降。最低的期待也是前线日军抵抗力度极低，华军迅速推进到东京湾，然后占领整个日本列岛。

小鬼子不能以常理推断，华军高层也有些异想天开。高层被袭确实给日本高层带来极大地混乱，也沉重地打击了军队的士气，但要说崩溃还早得很。军部和地方上的将领达成一致，极力隐瞒皇室灭亡的消息，严禁收藏华军空军投掷的传单，并称那是敌人的谣言。为了证明这一点，军部还向士兵们发放了伪造的皇室宣言、军部命令。

信息的相对封闭让日军士兵轻易相信了军官们的话，即使有部分人怀疑，也不会冒着被枪毙的风险到处宣扬。这使得军队的秩序很快恢复，不过好日子不会持续太长时间，他们缺少粮食、药品和弹药，如果不考虑平民的话，军队的补给还能持续几个月的时间。在保证军队补给、放弃平民生死和给平民分配粮食之间，日军高层比较矛盾。