一些教士认为，尽管印第安人存在一些野蛮习俗，但那是因为他们社会所处的文明阶段不同，这些人依旧是自然秩序中的自由人，法律地位不应比欧洲殖民者低下，没有理由受到他们的征服和严酷管制。这些理论受到君主主义者的支持，获得了很多拥护者。

但当时，一批新兴的人文主义者则对此持反对意见。他们认为印第安人有大量反自然的罪行，是不可接受的，应该通过包括战争在内，任何可能的手段加以制止。同时，这些人的行径也证明他们无法管理自己，所以需要殖民者来进行统治。这一派的观点则得到了殖民者的支持，与前者针锋相对。

双方最后谁也没说服谁，但教会的倾向十分明显，并且对社会造成了影响。16年开始，国王就下达敕令，严格控制关于美洲的作品出版，禁止国内讨论征服的正义性问题。一些教士的笔记被专门下令封存，也禁止他们编纂新的书籍，造成社会上的思想动荡。

此外，国王甚至想了个办法，颁布了新法令，宣布今后不准再用“征服”这个词了，双方都得拿“和解”代替。只是这种改敏感词的行为，还是没能控制住社会上的舆论汹涌。

最后，173年，国王干脆下达命令，禁止进一步的征服。虽然这种命令也管不住大西洋对岸，但闹到这种程度，已经说明事情有多离谱了。实际上，哪怕在美洲凶名赫赫的征服者首领，都有人和后方支持殖民的学者通信，希望获得他们的理论支持，来坚定信心。

杀人抢钱的事，居然还能引发道德谴责，甚至让殖民者自己都迷茫了，开始反思是不是哪里出了问题，需要进行辩经来梳理。这在后来的一些殖民国看来，可能都会觉得不可思议吧。

而更晚兴起的耶稣会，在这方面比他们还激进。发现通过游说上层无助于解决问题之后，一些神父甚至跑进林子里，开始带着土著人和殖民者作战。最后，有的殖民地干脆宣布所有耶稣会成员都是不受欢迎的人，免得他们整天制造麻烦。